부모님 집 상속 (장기보유특별공제 주의사항)
안녕하세요. ‘세금을 바꾸는 시간’ 유현남 세무사입니다.
얼마전 부모님과 오랫동안 함께 살던 주택을 상속받으신 의뢰인분과 상담이 있었습니다. “아버지와 30년 가까이 한집에 살았는데, 그 기간도 장기보유특별공제 거주기간에 들어가지 않을까요?”라는 질문이었는데요. 실무에서 많이 헷갈리는 부분입니다.
결론부터 말씀드리면 이 부분, 아주 조심하셔야 합니다. 얼마 전 대법원이 이 쟁점에 대해 명확한 결론을 내린 판결을 선고했기 때문입니다. 오늘은 동일세대로부터 주택을 상속받았을 때 장기보유특별공제 거주기간을 계산하는 방법을 대법원 판례를 중심으로 정리해보겠습니다.
1. 우선 장기보유특별공제는 ‘보유기간’과 ‘거주기간’을 따로 계산합니다.
1세대 1주택자의 장기보유특별공제는 보유기간에 따른 공제율과 거주기간에 따른 공제율을 각각 계산해서 합산하는 구조입니다. 근거 법령은 소득세법 제95조 제2항이며, 보유기간별 공제율표와 거주기간별 공제율표가 별도로 규정되어 있습니다.
얼마전 네이버 블로그에 포스팅했던 글에서도 확인하실 수 있습니다.
https://blog.naver.com/tax-2016/224360309140

3년 이상 보유하면 보유기간에 따라 최대 40%, 보유기간 중 2년 이상 거주하면 거주기간에 따라 최대 40%가 각각 공제되어, 합산하면 최대 80%까지 양도차익에서 공제받을 수 있습니다.
※ 여기서 중요한 것은, 거주요건 2년을 채우지 못하면 거주기간 공제율(최대 40%)을 아예 받지 못한다는 점입니다. 보유기간 공제만 받고 거주기간 공제는 0%가 되어버리는 것이죠.
2. 상속받은 주택의 보유기간·거주기간은
‘상속개시일부터’ 계산하는 것이 원칙입니다.
부모님이 오래 보유하고 오래 거주했던 집을 상속받았다고 해서, 그 기간이 자동으로 내 보유기간·거주기간으로 이어지는 것은 아닙니다.
▶ 양도세 세율 산정용 보유기간 (1세대1주택 비과세 판정 시에도 적용)
피상속인(돌아가신 분)의 취득일부터 계산합니다. 이 부분은 상속인에게 유리하게 작용하는 경우가 많습니다.
▶ 장기보유특별공제 산정용 보유기간·거주기간
원칙적으로 상속개시일(사망일)부터 새롭게 계산합니다.
같은 상속주택인데도 세율을 계산할 때와 장기보유특별공제를 계산할 때 기준 시점이 다르다는 점, 이 부분에서 실수가 많이 발생합니다.
3. 그런데 ‘동일세대’였다면 거주기간도 통산되지 않을까요?
(대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34935 판결)
저도 그랬으면 좋겠습니다만 그렇지가 않습니다.
실무에서 가장 많이 헷갈려 하시는 지점이 바로 여기입니다. 1세대 1주택 비과세 판단 등 다른 세법 규정에서는 ‘동일세대 여부’가 중요한 의미를 갖는 경우가 있다 보니, “부모님과 같은 세대로 살았으니 그 거주기간도 내 거주기간에 합쳐지는 것 아니냐”는 오해가 자주 생깁니다.
이 쟁점에 대해 [대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34935] 판결이 중요한 결론을 내렸습니다.
(1) 사실관계
원고는 부친으로부터 주택을 상속받아 양도하면서, 상속 개시 전 원고와 피상속인이 동일세대원으로 함께 거주했던 기간을 자신의 거주기간에 통산해 장기보유특별공제(거주기간별 공제율)를 적용하여 양도소득세를 신고·납부했습니다. 그런데 원고가 상속으로 그 주택을 취득한 뒤 실제로 거주한 기간은 단 1개월에 불과했습니다. 과세관청은 거주기간 요건(2년)을 충족하지 못했다고 보아 거주기간별 공제율 적용을 배제하고 양도소득세를 경정·고지했고, 원고가 그 처분의 취소를 구하며 소송을 제기한 사건입니다.
(2) 대법원의 판단
대법원은 장기보유특별공제 제도에서 거주요건이 추가된 것은 공제 적용 요건을 엄격히 강화함으로써 1주택 보유자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하려는 취지라고 밝히면서, 다음과 같이 판시했습니다.
장기보유특별공제 제도에서 정하는 ‘거주기간’은 양도자가 양도자산인 주택의 취득일부터 양도일까지의 보유기간 중 해당 주택에서 거주한 기간을 의미하고, 이는 주택의 취득 원인이 상속인 경우에도 마찬가지다.
즉, 상속 개시 전 피상속인과 동일세대원으로 살았던 기간은 원고 본인이 ‘그 주택의 소유자로서’ 거주한 기간이 아니므로, 장기보유특별공제 거주기간에 포함되지 않는다는 것입니다. 원고가 상속으로 주택을 취득한 뒤 실제 거주한 1개월만 거주기간으로 인정되어, 결국 거주기간별 공제율은 적용받지 못한다는 원심 판단이 그대로 확정(상고기각)되었습니다.
참고로 이와 관련된 조세심판원의 판단도 이미 있었습니다. (조심2025서962, 2025.07.23)

4. 왜 동일세대인데 통산이 안 될까? 비과세 요건과의 차이를 구분!!
이 판결이 특히 중요한 이유는, 동일세대 여부가 실제로 의미를 갖는 다른 제도와 혼동하기 쉽기 때문입니다.
▶ 1세대 1주택 비과세 판단 시에는, 상속인이 상속개시 당시 피상속인과 동일세대원이었던 경우 피상속인의 보유기간·거주기간을 통산해주는 별도의 특례 규정이 존재합니다.
▶ 그러나 장기보유특별공제 거주기간 산정은 이 판결에 따라 완전히 다른 기준을 씁니다. 양도자(상속인) 본인이 그 주택을 취득한 시점부터 양도한 시점까지, 실제로 거주한 기간만을 봅니다. 동일세대였다는 사정 자체는 고려 요소가 아닙니다.
※ 비과세 요건 통산 규정만 믿고 장기보유특별공제까지 자동으로 통산된다고 판단하시면 안 됩니다. 비과세 여부와 장기보유특별공제 공제율은 별개의 제도이고, 판단 기준도 다릅니다. 이번 대법원 판결로 이 구분이 더 분명해진 만큼, 반드시 나누어서 검토하셔야 합니다.
5. 상속주택 양도를 앞두고 계시다면 실수하지 마세요.
(1) 상속 이후 본인의 실제 거주기간을 먼저 계산하세요. 부모님이 그 집에서 얼마나 사셨는지가 아니라, 상속으로 소유권을 취득한 뒤 내가 실제로 며칠, 몇 년을 거주했는지가 기준입니다.
(2) 거주기간이 2년에 미달한다면, 매각 전에 일정 기간 더 거주하는 방안을 검토할 필요가 있습니다. 거주기간별 공제율(최대 40%)이 통째로 사라지면 세부담 차이가 매우 커질 수 있습니다.
(3) 세율 산정용 보유기간(피상속인 취득일 기준)과 장기보유특별공제 산정용 보유기간(상속개시일 기준)을 반드시 구분해서 계산하세요.
(4) 이미 동일세대 거주기간을 통산해 신고하신 경우라면, 경정청구·수정신고 여부를 포함해 다시 점검해보시는 것이 안전합니다.
6. 정리하며
동일세대로부터 상속받은 주택의 장기보유특별공제는
- 보유기간·거주기간 모두 원칙적으로 상속개시일부터 새로 계산되고,
- 세율 산정용 보유기간(피상속인 취득일 기준)과는 기산점이 다르며,
- 상속 개시 전 피상속인과 동일세대로 거주했던 기간은 거주기간 요건에 통산되지 않고,
- 1세대 1주택 비과세 판단의 동일세대 통산 규정과 혼동해서는 안 되는 별개의 쟁점입니다.
특히 부모님과 오래 함께 사셨던 주택일수록 “당연히 거주기간이 인정되겠지”라고 낙관하시는 경우가 많은데, 이번 판결로 보시다시피 실제로는 상속인 본인이 소유자로서 거주한 기간만 인정된다는 점을 반드시 기억하셔야 합니다. 상속주택 양도를 계획하고 계시다면 매각 시점을 정하기 전에 본인의 실제 거주기간부터 정확히 확인하신 후 진행하시는 것이 안전합니다.
본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다.
개인적인 의견이 포함되어 있으며, 내용에 오류가 포함되어 있을 수 있습니다.
또한 세법 개정 및 예규 등의 변경이 수시로 있으므로
개별 사안에 대한 구체적인 세무 판단은
반드시 관련 자료 원문 확인 및 전문가 상담을 통해 진행하시기 바랍니다.

