사업용 오피스텔 양도 – 세금계산서발급 시 주의사항

세금을 바꾸는 시간

안녕하세요. ‘세금을 바꾸는 시간’ 유현남 세무사입니다.

얼마전 사업용으로 사용하시던 오피스텔을 양도하시는 대표님께서
세금계산서 금액을 얼마로 발급해야 하는지 연락을 주셨습니다.

오피스텔은 토지와 건물이 함께 공급되는 자산이므로,
토지분은 면세, 건물분은 과세로 나누어
계산서와 세금계산서를 각각 발급해야 합니다.

따라서 매매대금 중 얼마를 토지가액으로,
얼마를 건물가액으로 봐야 하는지가 먼저 결정되어야
계약서를 작성할 수 있습니다.

오늘은 사업용 오피스텔을 양도할 때 토지와 건물 각각의 세금계산서·계산서 금액을 어떻게 확정하는지에 대해 알아보겠습니다.


1. 오피스텔을 양도하면
왜 계산서와 세금계산서를 따로 발급하나?

부가가치세법 제26조 제1항 제4호에 따라 토지의 공급은 부가가치세가 면제됩니다.
반면 건물(구축물 포함)의 공급은 부가가치세 과세 대상입니다.

따라서 사업용으로 쓰던 오피스텔, 즉 과세사업에 사용한 부동산을 양도하는 경우 다음과 같이 증빙이 둘로 나뉩니다.

  1. 건물분 : 과세 → 세금계산서 발급 (건물 공급가액의 10% 부가가치세 거래징수)
  2. 토지분 : 면세 → 계산서 발급

즉 매매대금을 하나의 공급가액으로 잡아 세금계산서 한 장만 발급하면 안 되고,
반드시 토지가액과 건물가액을 구분해서 각각의 증빙을 발급해야 합니다.


2. 원칙은 계약서상 구분가액이며, 안분계산은 예외적으로만 적용됩니다.

(1) 원칙 – 계약서에 토지가액·건물가액이 구분 기재되어 있다면 그대로 인정됩니다

매매계약서에 토지가액과 건물가액이 각각 명확히 구분되어 기재되어 있다면,
원칙적으로 그 실지거래가액을 그대로 인정받습니다.
안분계산은 어디까지나 “토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우”에만 적용되는 보충적인 방법입니다.

계약서 작성 단계에서 토지가액과 건물가액을 각각 명시해두면 안분계산 자체를 할 필요가 없어 가장 깔끔합니다.

※ 다만 실제 가치비율과 현저히 동떨어진 금액으로 임의 구분해 기재하면,
국세청이 그 구분 자체를 부인하고
다시 기준시가로 안분계산할 것을 요구할 수 있다는 점은 유의하셔야 합니다.

부가가치세법 제29조 제9항 단서 및 같은 법 시행령 제64조에 따르면,
계약서상 토지·건물 구분가액이 세법상 안분계산한 금액(기준시가 등)과 비교하여
30% 이상 차이가 나는 경우, 가액 구분이 불분명한 것으로 보아
계약서상 가액을 전면 부인하고 강제로 안분계산을 적용합니다.

(2) 예외 – 구분이 불분명한 경우에는 기준시가로 안분계산합니다

오피스텔 매매계약서는 실무상 총액만 기재되고 토지·건물 구분이 없는 경우가 많습니다.
이런 경우에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따른 안분계산이 의무적으로 적용됩니다.


3. 안분계산은 감정평가가액, 기준시가, 장부가액 순으로 적용합니다.

(1) 1순위 – 감정평가가액이 있는 경우

공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간 종료일까지,
감정평가법인등이 평가한 감정평가가액이 있다면 그 가액 비율로 안분합니다.

(2) 2순위 – 각각의 기준시가가 있는 경우

공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분한 금액으로
세금계산서와 계산서를 발행하면 됩니다.

여기서 실무자들이 자주 오해하는 부분이 있어 짚어드립니다.

① 국세청이 매년 고시하는 “오피스텔 및 상업용 건물 기준시가”를 홈택스에서 조회하면,
토지분과 건물분이 각각 나오는 것이 아니라 토지가액과 건물가액을 이미 합산한 금액 하나만 나옵니다.
즉 이 고시가액 자체로는 토지분과 건물분의 비율을 알 수 없어서,
부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호가 말하는
“토지와 건물등에 대한 기준시가가 모두 있는 경우”에 그대로 해당한다고 보기 어렵습니다.

② 오피스텔 총고시가격에서 토지의 기준시가를 뺀 금액이 건물의 기준시가가 아니라는 점에도 주의하셔야 합니다.

③ 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제3호는 위 1호·2호 방법을 적용할 수 없거나 곤란한 경우
국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산하도록 위임하고 있습니다.
이 위임에 따라 국세청은 “토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우
과세표준 안분계산방법” 고시(가장 최근 개정은 국세청고시 제2025-26호)를 통해
오피스텔·상업용 건물·주택처럼 토지·건물이 일괄 고시되는 자산의 안분방법을 별도로 정해두었습니다.
이 고시에 따른 계산 방법은 다음과 같습니다.

  1. 토지분 기준가액 : 개별공시지가(해당 오피스텔이 깔고 있는 부속토지 중 그 호실의 대지지분에 해당하는 금액)
  2. 건물분 기준가액 : 국세청장이 고시한 “건물의 기준시가 산정방법”을 준용하여 계산한 가액(신축가격기준액 × 구조지수 × 용도지수 × 위치지수 × 경과연수별 잔가율 등을 반영해 산출)

즉 오피스텔의 공시된 합산 기준시가를 그대로 쓰는 것이 아니라,
토지는 개별공시지가로 건물은 국세청의 “건물 기준시가 계산방법”으로 각각 별도 산출한 뒤 그 비율로 안분해야 합니다.

Tip) 기준시가 조회 방법

  1. 홈택스(또는 손택스) → 조회/발급 → 기타 조회 → 기준시가 조회 화면의 ‘오피스텔/상업용건물’ 메뉴에서는 참고용 합산 기준시가만 확인할 수 있으며, 안분비율 계산에는 그대로 쓸 수 없습니다.
  2. ‘건물기준시가(양도)’ 계산 메뉴에서 건물분만 별도로 산출할 수 있습니다.
  3. 토지분은 국토교통부 부동산공시가격알리미 또는 홈택스에서 해당 필지의 개별공시지가를 확인하시면 됩니다.

(3) 3순위 – 감정평가액도, 위 방법도 쓸 수 없는 경우

위 두 방법으로 계산이 곤란하다면 장부가액(장부가액이 없으면 취득가액)
비율로 우선 안분한 뒤, 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가로 재안분합니다.

※ 건물분 기준시가 산정에는 구조지수·용도지수·위치지수·경과연수별 잔가율 등 여러 변수가 들어가 실수하기 쉬운 계산입니다. 안분비율에 따라 세금계산서 공급가액과 부가가치세 납부세액이 달라지므로, 직접 계산하기보다는 세무 전문가를 통해 산출받는 것을 권장합니다.


4. 사례로 보는 과세표준 계산방법

사업용 오피스텔을 매매대금 5억 원(부가가치세 별도)에 양도하고, 공급계약일 현재 위 방법으로 산출한 토지분 기준가액(개별공시지가 기준)이 8천만 원, 건물분 기준가액(국세청 건물기준시가 산정방법에 의한 금액)이 1억 2천만 원이라고 가정해보겠습니다.

  1. 기준가액 합계 : 1억 2천만 원 + 8천만 원 = 2억 원
  2. 건물분 안분비율 : 1억 2천만 원 ÷ 2억 원 = 60%
  3. 토지분 안분비율 : 8천만 원 ÷ 2억 원 = 40%
  4. 건물 공급가액 : 5억 원 × 60% = 3억 원 → 세금계산서 발급
  5. 토지가액 : 5억 원 × 40% = 2억 원 → 계산서 발급
  6. 건물분 부가가치세 : 3억 원 × 10% = 3천만 원
  7. 매수인이 실제 지급하는 총액 : 5억 원 + 3천만 원 = 5억 3천만 원

부가가치세를 매매대금에 포함할지, 별도로 받을지는 계약서에 명확히 정해두어야 하는 부분입니다.
“부가가치세 별도”라는 특약이 없으면 매매대금 안에 부가세가 포함된 것으로 해석될 여지가 있어,
매도인이 부가세를 대금에서 떼어내 납부해야 하는 상황이 생길 수 있습니다.

Tip) 사업용 부동산 매매계약서에는 “본 매매대금과 별도로 건물분에 대한 부가가치세는 매수인이 부담하며, 매도인은 세금계산서를 발급한다”는 특약을 넣어두는 것을 권장합니다.

※ 임대차계약이 걸려 있는 오피스텔이라면 포괄양수도 방식으로 거래해서 부가세를 아예 주고받지 않는 방법도 실무에서 많이 활용됩니다. 다만 포괄양수도 요건(사업의 동일성 유지 등)을 충족하지 못하면 나중에 부가가치세가 추징될 수 있으므로 매우 주의 깊게 진행하셔야 합니다.


5. 정리하며

  1. 사업용 오피스텔을 양도할 때는 토지의 공급은 면세, 건물의 공급은 과세이므로 계산서와 세금계산서를 각각 발급해야 합니다.
  2. 계약서에 토지가액·건물가액이 구분 기재되어 있으면 원칙적으로 그 가액을 인정합니다.
  3. 구분이 불분명한 경우에만 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 감정평가가액 → 기준시가 → 장부가액 순으로 안분계산합니다.
  4. 오피스텔은 국세청이 고시하는 기준시가가 토지·건물 합산액 하나뿐이라 이를 그대로 안분비율로 쓸 수 없고, 국세청의 별도 안분계산방법 고시에 따라 토지는 개별공시지가로, 건물은 국세청 건물기준시가 산정방법으로 각각 계산해서 그 비율로 안분해야 합니다.
  5. 기준시가·개별공시지가는 매년 고시가 갱신되므로, 반드시 “공급계약일 현재” 고시되어 있는 금액을 기준으로 계산해야 합니다. 따라서 계약일과 잔금일 사이에 연도가 바뀌면 적용해야 할 고시분이 달라질 수 있다는 점을 유의하시기 바랍니다.

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다.
개인적인 의견이 포함되어 있으며, 내용에 오류가 포함되어 있을 수 있습니다.
또한 세법 개정 및 예규 등의 변경이 수시로 있으므로
개별 사안에 대한 구체적인 세무 판단은
반드시 관련 자료 원문 확인 및 전문가 상담을 통해 진행하시기 바랍니다.

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