종부세 합산배제·과세특례 9월 30일까지 신청하세요.

세금을 바꾸는 시간


안녕하세요. ‘세금을 바꾸는 시간’ 유현남 세무사입니다.

9월 16일부터 종합부동산세 합산배제와 1세대 1주택자 과세특례 신청이 시작됐습니다.
국세청이 혜택 대상으로 예상되는 납세자 약 4만 8천 명에게 안내문을 발송했다고 하니,
안내문을 받으신 대표님들도 계실텐데요.

그런데 이번 신청 기간에는 예년과 달라진 부분이 하나 있습니다.
바로 부부 공동명의 1주택자 특례의 납세의무자 지정 방식입니다.
오늘은 종부세 합산배제·과세특례 신청 방법과
올해 새로 바뀐 공동명의 특례 내용까지 함께 정리해보겠습니다.


1. 종부세 합산배제·과세특례 (신청기한 : 9월 16일부터 30일까지)

종합부동산세는 매년 6월 1일 현재 보유 중인 주택을 기준으로
국세청이 세액을 계산해 11월에 고지합니다.

그런데 임대주택, 상속주택, 공동명의 1주택처럼
국세청이 미리 알 수 없는 개별 사정은
납세자가 직접 신고하거나 신청해야 그해 고지에 반영됩니다.

이 신고·신청 기간이 매년 9월 16일부터 9월 30일까지이며
올해도 어제부터 접수가 시작되었습니다.

(1) 신청 방법

홈택스 전자신청 또는 관할세무서 서면 제출, 둘 다 가능합니다.
홈택스에서는 미리채움 자료와 종합부동산세 모의세액 계산 기능을 제공하므로,
신청 전에 예상 세액을 미리 확인해보시는 것을 권해드립니다.

(2) 이미 신청한 내용이 있다면

작년에 신청해 계속 적용받고 있던 내용에 변동이 없다면 올해 다시 신청하지 않아도 됩니다.
다만 임대사업자 등록이 말소되었거나 적용 요건이 바뀐 경우에는 반드시 변경신고를 해야 합니다.

특히 ‘부부 중 납세의무자 명의를 지분이 적은 배우자로 바꾸고자 하는 가구’라면 기존 신청자라 하더라도 반드시 9월 30일까지 ‘납세의무자 변경신고서’를 신규 제출해야만 올해 고지서에 반영됩니다.

올해는 추석 연휴(9월 24일~26일)가 신청 기간 중간에 끼어 있어
세무서 창구가 실제로 열리는 날이 총 9일뿐입니다.
방문 접수를 계획하고 계시다면 연휴 전에 서둘러 처리하시는 것이 안전합니다.


2. 무엇을 신청하느냐에 따라 서식이 다릅니다

종부세 9월 신고·신청은 한 가지가 아니라 목적별로 나뉘어 있고
해당하는 항목이 여러 개면 각각 따로 접수해야 합니다.

(1) 합산배제 신고

등록 임대주택, 사원용 주택, 멸실예정주택, 주택신축용 토지 등을
종합부동산세 과세대상 자체에서 제외하는 신고입니다.
임대주택은 지방자치단체 등록과 세무서 사업자등록, 의무 임대기간, 임대료 증액 제한(5% 이내) 등
요건을 모두 충족해야 합니다.

※ 5% 증액 제한을 단 1원이라도 초과하여 계약을 체결했거나
묵시적 갱신 시 시세를 과도하게 올려받은 사실이 적발되면
당해 연도 합산배제 박탈은 물론 과거 감면받았던 종부세와 납부지연가산세까지
소급하여 통째로 추징됩니다.
Tip) 9월 신청서 제출 전 과거 1~2년간의 임대차계약서 5% 준수 여부를 반드시 점검하세요.

출처 : 국세청 블로그(https://blog.naver.com/ntscafe/224407392454)

(2) 1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 신청

일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택을 소유한 경우
그 주택을 주택 수에서 빼고 1세대 1주택자로 계산해달라고 신청하는 절차입니다.
종합부동산세법 시행규칙 별지 제24호서식을 사용하며
신청이 받아들여지면 기본공제가 9억 원에서 12억 원으로 올라갑니다.

(출처 : 국세청 블로그 https://blog.naver.com/ntscafe/224407392454)

(3) 세율 적용 시 주택 수 산정 제외 신청

소형 신축주택, 준공 후 미분양주택, 인구감소지역 주택 등을
세율 구간을 정하는 주택 수 계산에서 제외해달라는 신청입니다.
별지 제27호서식을 사용하며
3주택 이상 보유자에게 적용되는 중과세율 대신 일반세율을 적용받을 수 있습니다.

(출처 : 국세청 블로그 https://blog.naver.com/ntscafe/224407392454)

(4) 공동명의 1주택자 특례 신청

부부가 공동으로 소유한 1주택을 한 사람의 1주택으로 계산해달라고 신청하는 절차입니다.
별지 제30호서식을 사용하며 아래에서 자세히 설명드리겠습니다.


3. 올해부터 부부 공동명의 1주택자의 납세의무자를
지분율과 무관하게 지정할 수 있습니다.

(1) 개정 전과 개정 후의 차이점

지금까지는 부부 공동명의 1주택에서 지분율이 더 높은 쪽이
자동으로 납세의무자(공동명의 1주택자)가 되었습니다.
그런데 2026년 2월 27일 시행된 종합부동산세법 시행령 제5조의2 제3항 개정으로
지분율과 관계없이 부부가 합의해서 정한 사람을 납세의무자로 지정할 수 있게 되었습니다.
이 개정 규정은 과세기준일이 6월 1일인 올해 종부세, 즉 이번 9월 신청분부터 전격 적용됩니다.

(2) 세액공제(최대 80%)를 극대화할 수 있는 기회

종부세 세액공제(고령자 공제 최대 40% + 장기보유 공제 최대 50%, 합산 한도 80%)는
공동명의 1주택자로 지정된 납세의무자 1인의 나이와 보유기간을 기준으로 계산됩니다.

예를 들어 지분 70%를 가진 52세 배우자와 지분 30%를 가진 71세 배우자가
15년을 함께 보유한 주택이 있다면,

작년까지는 지분이 큰 52세 쪽이 자동으로 지정되어 고령자 공제를 단 1%도 받지 못했습니다.
그러나 올해부터는 지분이 30%뿐인 71세 배우자를 납세의무자로 전격 지정하여
고령자 공제(40%)와 장기보유 공제(50%)를 합쳐
최고 한도인 80% 세액공제를 온전히 끌어올 수 있습니다.

※ 다만 보유기간도 지정된 사람 기준입니다. 나이만 보고 지정했는데 그 사람이 뒤늦게 지분을 취득해 실제 보유기간이 짧다면 장기보유 공제 자체가 통째로 빠질 수 있으니 주의하셔야 합니다.

남편이 15년 전 구입해 혼자 보유하다가 3년 전에 부인(71세)에게 지분 30%를 증여한 경우, 나이만 보고 부인을 납세의무자로 지정하면 고령자 공제(40%)는 받지만 장기보유 공제는 15년이 아니라 3년(0%)으로 리셋되어 오히려 세부담이 늘어나는 대참사가 발생할 수 있습니다.

기억하세요!
‘해당 지정 납세의무자가 해당 주택 지분을 최초로 취득한 날’을 기준으로 기산합니다.


4. 공동명의를 그대로 둘지 특례를 신청할지는
공시가격에 따라 달라집니다

(1) 기본공제의 차이

공동명의를 그대로 두면 부부가 각자 9억 원씩, 합쳐서 18억 원까지 공제받습니다.
반면 특례를 신청하면 부부 지분을 합산해 계산하되 기본공제는 12억 원으로 줄어듭니다.
즉 특례는 기본공제에서는 불리하지만, 그 대신 고령자·장기보유 세액공제를 받을 수 있는 구조입니다.

(2) 공시가격과 세액공제율의 비교선택

공시가격이 낮아 과세표준 자체가 크지 않은 구간(대략 18억 원 이하)에서는
공동명의 그대로 두는 쪽이 유리한 경우가 많습니다.
공동명의 상태라면 부부 각자의 지분 공시가격이 9억 원 아래로 잡혀
세금이 아예 나오지 않을 수 있기 때문입니다.
반대로 공시가격이 올라갈수록 그리고 세액공제율이 높을수록 특례 쪽이 유리해지는 경향이 있습니다.


5. 요건을 갖추지 않고 신청하면 나중에 세금이 추징될 수 있습니다

국세청은 요건을 충족하지 못했는데도 잘못 신고하거나 신청한 경우
경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징할 수 있다고 안내하고 있습니다.
임대사업자 등록 말소, 의무 임대기간 미충족, 임대료 증액 기준 위반,
일시적 2주택 처분기한 미준수 등이 대표적인 추징 사유입니다.

신청 전에 요건을 꼼꼼히 확인하시는 것이 사후 세무조사 리스크를 줄이는 가장 확실한 방법입니다.

참고로 정부가 발표한 2026년 세제개편안에는
1세대 1주택자 종부세 기본공제를 실거주 시
14억 원까지 올리는 내용이 포함되어 있습니다.
다만 이 개편안은 아직 정기국회 심의를 거치지 않은 단계이며,
시행되더라도 2027년 6월 1일 기준 과세분부터 적용될 예정이므로
이번 9월 신청과는 별개의 사안이라는 점을 유의하시기 바랍니다.


6. 정리하며

  1. 종부세 합산배제·과세특례 신청 기간은 9월 16일부터 30일까지이며 홈택스 또는 서면으로 접수할 수 있습니다.
  2. 신청 목적에 따라 별지 제24호, 제27호, 제30호서식으로 나뉘므로, 해당하는 항목을 정확히 확인해야 합니다.
  3. 올해부터는 부부 공동명의 1주택자의 납세의무자를 지분율과 무관하게 합의로 정할 수 있어, 나이 차이가 있는 부부라면 절세 여지가 넓어졌습니다.
  4. 공동명의와 특례 중 어느 쪽이 유리한지는 공시가격과 세액공제율에 따라 갈리므로, 무조건 한쪽이 유리하다고 단정하기는 어렵습니다.

올해는 납세의무자 지정 규칙이 바뀐 첫해인 만큼
작년과 같은 방식으로 신청했다가는 받을 수 있었던 공제를 놓칠 수 있습니다.
신청 전에 반드시 본인의 상황에 맞춰 다시 한 번 확인 후 진행하시는 것이 안전합니다.



본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다.
개인적인 의견이 포함되어 있으며,
내용에 오류가 포함되어 있을 수 있습니다.
또한 세법 개정 및 예규 등의 변경이 수시로 있으므로
개별 사안에 대한 구체적인 세무 판단은
반드시 관련 자료 원문 확인 및 전문가 상담을 통해 진행하시기 바랍니다.

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