직원 인건비. 정규직과 3.3% 프리랜서 중 어떤 방법이 유리할까?

세금을 바꾸는 시간

저희 직원이 새로 들어왔는데요.
급여는 3.3% 떼고 주면 되죠?

안녕하세요. ‘세금을 바꾸는 시간’ 유현남 세무사입니다.

시간이 흘러도 대표님들께 끊임없이 받는 질문이 있습니다.
직원을 정규직으로 채용해서 4대보험을 부담할지,
아니면 사업소득 원천징수(이른바 ‘3.3%’)로 지급할지입니다.

그리고 ‘답정너’인 듯 ㅠㅠ
어떻게든 3.3%를 떼고 주시겠다는 대표님들이 의외로 많습니다.
매달 나가는 4대보험료가 부담스러워서
이런 선택을 하시는 대표님들이 많으실 텐데요.

그런데 노동자성 판단 기준이 엄격해지고
건강보험공단의 소급 부과 사례도 늘면서
이 선택이 생각보다 훨씬 큰 리스크로 돌아올 수 있다는 사실을 아셔야 합니다.

오늘 주제는 노무사님들의 전문영역입니다만
제가 아는 선에서 이야기 풀어보도록 하겠습니다.
이번 포스팅에서는 두 방법의 실제 부담 차이부터
3.3% 지급이 ‘위장 프리랜서’로 부인되었을 때의 위험성까지 정리해보겠습니다.


정규직 VS 프리랜서

(1) 정규직 근로자 – 4대보험 부담

근로계약을 맺고 급여를 지급하면 국민연금·건강보험(장기요양보험 포함)·고용보험·산재보험, 이른바 4대보험 가입 의무가 발생합니다.

보험료는 근로자와 사업주가 절반씩 부담하는 항목(국민연금, 건강보험)과 사업주가 전액 부담하는 항목(산재보험)으로 나뉩니다.

◆ 2026년 기준 요율은 다음과 같습니다.

구분전체 요율근로자 부담사업주 부담비고
국민연금9.5%4.75%4.75%절반씩 부담
건강보험7.19%3.595%3.595%절반씩 부담
장기요양보험건강보험료의 13.14%절반절반매년 소폭 조정되므로 정확한 고시 요율은 국민건강보험공단의 확인이 필요
고용보험(실업급여)1.8%0.9%0.9%사업주는 규모별로 고용안정·직업능력개발사업 요율 추가 부담
산재보험업종별 상이
(평균 1%대)
없음전액사업주 전액 부담

즉 사업주 입장에서는 급여 외에 보수월액의 약 10% 안팎을 추가로 부담하는 셈입니다.

(2) 사업소득 원천징수 – 이른바 ‘3.3%’ (2.2% 변경예정)

프리랜서·인적용역 사업자에게 용역 대가를 지급할 때는
근로소득이 아닌 사업소득으로 보아,
소득세법에 따라 지급액의 3%를 원천징수하고
여기에 개인지방소득세(소득세액의 10%) 0.3%를 더해
합계 3.3%를 공제한 뒤 지급합니다.

4대보험 가입 의무 자체가 없으므로
사업주는 별도의 보험료 부담이 없고,
근로자 본인이 지역가입자로 국민연금·건강보험료를 전액 부담하게 됩니다.

2026년 세제개편안에는 원천징수세율을 
3.3%에서 2.2%(소득세 2% + 지방소득세 0.2%)로 낮추는 방안이 담겨 있습니다.
다만 이는 세금이 줄어드는 것이 아니라
미리 떼는 세금(예납)이 줄어드는 것으로 최종 세부담은 동일합니다.
개정안이 국회를 통과하면 2027년 1월 1일 이후 지급분부터 적용될 예정이므로,
아직 확정된 사항은 아니라는 점을 유의하시기 바랍니다.

지난번 포스팅 참조해주세요.
삼쩜삼? 이제는 이쩜이!! 원천징수세율 2.2%로 변경
https://blog.naver.com/tax-2016/224390565214


표면적인 비용만 보면
3.3% 방식이 유리해 보입니다.

(1) 사업주 입장에서는 일단 유리해 보입니다.

같은 금액의 급여를 지급한다고 가정하면,
정규직은 사업주가 국민연금·건강보험 사업주 부담분과 산재보험료를 추가로 부담해야 하지만
3.3% 방식은 원천징수 후 지급만 하면 되므로 사업주의 추가 부담이 사실상 없습니다.

(2) 근로자(수급자) 입장에서는 오히려 부담이 늘어날 수 있습니다.

정규직이었다면 회사가 절반을 부담해주는 국민연금·건강보험료를
3.3% 방식에서는 지역가입자로서 본인이 전액 부담해야 합니다.
게다가 퇴직금, 연차수당, 4대보험 혜택(실업급여, 산재보상 등) 자체가 없다는 점도
실질적인 불이익입니다.

3.3% 방식은 사업주에게만 유리하고 근로자에게는 불리한 구조이며,
이 비대칭성이 바로 아래에서 설명할 ‘위장 프리랜서’ 분쟁의 근본 원인이 됩니다.


만약 실질이 근로자라면
3.3% 계약이라는 형식만으로 보호받지 못합니다.

(1) 근로자성 판단은 계약서 명칭이 아니라 실질로 합니다

근로기준법 제2조 제1항 제1호는 
근로자를 "직업의 종류와 관계없이 임금을 목적으로 사업이나 사업장에 근로를 제공하는 자"로 정의하고 있습니다.

계약서 제목이 ‘프리랜서 용역계약서’이고 3.3%로 원천징수했다고 하더라도
실질적으로 사용종속관계가 인정되면 근로기준법·4대보험 관계법령상 근로자로 판단됩니다.

다수의 판례와 노동 관련 실무에서 기준으로 삼는 근로자성 판단 요소는 다음과 같습니다.

▶ 업무 내용을 사업주가 정하고, 취업규칙·복무규정이 적용되는지
▶ 업무 수행 과정에서 사업주로부터 상당한 지휘·감독을 받는지
▶ 근무시간과 근무 장소가 사업주에 의해 지정되고 구속되는지
▶ 노무 제공자가 스스로 비품·원자재·작업도구 등을 소유하거나 제3자를 고용해 업무를 대행시킬 수 있는지
▶ 보수가 근로 자체의 대가적 성격을 갖는지(고정급 여부)
▶ 근로소득세를 원천징수했는지, 사회보장제도에서 근로자로 편입되어 있는지
▶ 근로관계의 계속성과 사업주에 대한 전속성 여부

이 요소들을 종합적으로 판단하므로
‘3.3%로 계약했으니 프리랜서’라는 논리는 세무당국이나 법원에서 통용되지 않습니다.

(2) 사업주가 실제로 겪을 수 있는 위험

실질이 근로자로 인정되면 국민건강보험법·국민연금법 등에 따라
4대보험 사업장 가입 대상으로 소급 적용될 수 있고
미가입 기간에 대한 보험료를 소급하여 추징당할 수 있습니다.

이 경우 원칙적으로 근로자 부담분까지 포함한 금액을
사업주가 우선 납부해야 하는 경우가 많아
실질적인 부담은 처음부터 4대보험에 가입했던 것보다 훨씬 커지는 경우가 많습니다.

실제로 위장 프리랜서 형태로 장기간 근무한 인력에 대해 근로자성이 인정되면서
사업주가 그동안 미가입했던 국민연금·건강보험료를
최대 5년치까지 소급 부과받은 사례가 실무상 보고된 바 있습니다.

4대보험료뿐 아니라
원천징수 세목 자체도 사업소득이 아니라 근로소득으로 재구성되어
국세청으로부터 별도로 가산세를 포함한 소득세가 추징될 수 있습니다.
국민건강보험공단과 국세청 양쪽에서 각각 추징이 발생할 수 있다는 점을 반드시 유의하셔야 합니다.


분명 프리랜서로 고용했는데
퇴직금까지 줘야 한다고요?

(1) 퇴직금은 4대보험과 별개로 발생하는 의무

근로자퇴직급여 보장법 제4조 제1항에 따라
사용자는 계속근로기간이 1년 이상이고
4주간을 평균하여 1주간의 소정근로시간이 15시간 이상인 근로자에게
퇴직급여(퇴직금)를 지급해야 합니다.

여기서 핵심은 이 조문이 ‘근로자’를 요건으로 하고 있다는 점입니다.
즉 3.3% 사업소득으로 처리해왔다 하더라도
실질이 근로자로 인정되고 위 요건(1년 이상 계속근로, 주 15시간 이상)을 충족한다면
퇴직금 지급 의무는 그대로 발생합니다.

실질이 근로자라면
‘프리랜서 계약이라 퇴직금 규정이 없다’는
주장은 통하지 않습니다.

(2) 뒤늦게 소송이 제기되어도 최대 3년치는 그대로 인정됩니다.

근로자퇴직급여 보장법 제10조는
퇴직금을 받을 권리를 3년간 행사하지 않으면 소멸시효로 소멸한다고 정하고 있습니다.
바꿔 말하면, 퇴직 이후 3년이 지나지 않았다면
언제든 퇴직금을 청구할 수 있다는 뜻입니다.

3.3%로 수년간 근무했던 인력이 퇴사 후
근로자성을 다투며 퇴직금을 청구하는 경우
사업주는 그 근로기간 전체(계속근로기간 1년 이상 구간)에 대한 퇴직금을 한꺼번에,
그것도 퇴사 시점의 평균임금을 기준으로 소급 정산해서 지급해야 하는 상황에 놓일 수 있습니다.


노동자 추정제(근로자 추정제)
사업주의 입증 부담이 커지는 상황

근로자성 판단에 대한 분쟁이 발생했을 때
노동자가 아님을 사업주가 직접 입증해야 하는
이른바 ‘노동자 추정제(근로자 추정제)’ 도입이 논의되고 있습니다.

이 제도가 실제로 입법된다면
지금까지는 노무 제공자 측에서 근로자성을 입증해야 했던 것과 달리
앞으로는 사업주가 ‘이 사람은 근로자가 아니다’라는 것을 스스로 증명하지 못하면
근로자로 추정되는 구조로 바뀔 수 있습니다.
다만 이는 아직 국회 입법 절차가 진행 중인 사안이므로
최종 확정 여부와 시행 시기는 계속 확인이 필요합니다.


그렇다면 정확한 판단기준은?

(1) 실제로 지휘·감독 없이 독립적으로 업무를 수행하는 외주·용역

디자인 외주, 강의, 자문, 단발성 용역처럼
업무 수행 방식과 시간을 노무 제공자가 스스로 결정하고
고정 출퇴근이나 상시적 지휘·감독이 없는 경우라면
사업소득(3.3%) 처리가 실질에 부합합니다.

(2) 고정 출퇴근, 고정급, 상시적 지휘·감독이 있다면

이런 형태라면 형식만 프리랜서 계약으로 두더라도
실질은 근로자에 해당할 가능성이 높습니다.
당장의 4대보험료 부담을 피하려다가 훨씬 큰 소급 추징 리스크를 떠안는 것보다
처음부터 정규직으로 전환해 4대보험에 가입하는 것이 장기적으로 안전한 선택입니다.

(3) 애매한 경우라면 근로계약 형태를 정비하시길 권합니다

업무 지시 방식, 근무시간 통제 여부, 대체 인력 투입 가능 여부 등을 점검해 실질에 맞는 계약 형태로 정비해두는 것이 세무조사나 근로자성 분쟁 시 가장 효과적인 방어 수단이 됩니다.


정리하며

4대보험 정규직은 사업주 부담이 크지만 법적 리스크가 없고
3.3% 프리랜서는 표면적 비용은 적지만
실질이 근로자로 인정될 경우 소급 추징이라는 훨씬 큰 리스크를 안고 있습니다.

근로자성 판단은 계약서의 명칭이나 원천징수 방식이 아니라
실제 지휘·감독 관계 등 실질로 판단됩니다.

위장 프리랜서로 판단되면 4대보험 소급 부과뿐 아니라
요건을 충족한 퇴직금까지 소급하여 지급해야 합니다.
퇴직금 청구권의 소멸시효는 3년이므로 퇴사 후에도 상당 기간 이 리스크가 남아 있습니다.

여기에 근로소득세 재산정 및 가산세, 연차수당 정산까지
중첩적으로 많은 문제가 발생할 수 있어 파급 효과가 매우 큽니다.

단기적인 4대보험료 절감만 보고 3.3% 방식을 선택하시기보다는
실제 근무 형태를 먼저 점검하시고
그에 맞는 계약 형태를 선택하시는 것이 장기적으로 훨씬 안전합니다.

특히 이미 3.3% 방식으로 지급 중인 인력이 있다면
근무 실태를 다시 한번 점검해보시는 것을 권해드립니다.


본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다.
개인적인 의견이 포함되어 있으며
내용에 오류가 포함되어 있을 수 있습니다.
또한 세법 개정 및 예규 등의 변경이 수시로 있으므로
개별 사안에 대한 구체적인 세무 판단은
반드시 관련 자료 원문 확인 및 전문가 상담을 통해 진행하시기 바랍니다.

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